“由于审批账号等程序，许多2009年启动的民口重大专项课题经费，至今也没有见到影子。”“两会”期间，针对国家科技重大专项实施中的经费管理问题，“新一代宽带无线移动通信网”重大专项专职技术负责人邬贺铨忧心忡忡。
北京大学医学部教授马大龙委员也有相同的困惑：科研经费到位为什么滞后一年有余？他参与了“重大新药创制”重大专项的一个课题，“项目2008年10月通过评审，今年是2010年了，还没有拿到一分钱”。
“重大专项实施确实加快了。但它也是个新鲜事物，周期长，投资巨大，管理层次多……我们面临的是全新的管理方式，这包括经费管理和组织协调等各个层面。”
实施重大专项，是政协委员这几年常议常新的热点话题，由于前无经验可循，所以需要“摸着石头过河”，进行体制机制的探索；同时，由于它有可能成为改革的突破口和模本，因此也承载着科技人员太多的希冀。
经费遭大幅调减，理由让人哭笑不得
除了重大专项经费到位严重滞后，最让课题承担者“闹心”的，是经费经常严重“缩水”。马大龙介绍，目前科技重大专项财务预算审查，要经过科技部和财政部聘请的两批专家双重审查。由于这些审查专家学术背景不同，并且审查时没有明确的科技重大专项财务管理规定（2009年9月底财政部才颁布《民口科技重大专项资金管理办法》），不仅审查周期长，而且往往依据一些随意性很大的理由，大幅调减经费预算。
预算评审的科学性遭到了质疑。参与专项的委员大都曾遭遇匪夷所思的诘问：
——新药临床试验，要求100例病人，评审专家说，为什么不减到50例？
——动物试验必须要纯种狗（不能使用个体差异很大的杂种动物），审查的人说，为什么不买最便宜的杂种狗？
——要在预算中精准地预测若干年后，何人、何地、开何会？
——试剂要最廉价的，申报课题经费的使用说明要细化到何种试剂、何公司产品及仪器型号……
类似减少预算的理由，让内行人哭笑不得。“如此繁琐，是不可能预测的。预算，要按照科学规律办事。”据马大龙了解，民口科技重大专项2008年、2009年启动课题（项目）经评审审定预算调减率19.2%。也就是说，有近1/5的预算经费被“缩水”。
财务管理部门与科研承担者本是合作者，却渐渐演化成“猫和老鼠”的关系。澳门赌场地理科学与资源研究所研究员闵庆文道出了苦衷：“项目要求不能将人员费列入正常开支中，势必出现预算作假，或者是逼迫科研骨干人员另外申请能够支付工资性收入的课题，而不能全力投入专项研究。”
马大龙认为，目前重大专项设立间接费用和不可预见费用的改革，开了一个好头，但仍需进一步改善经费管理办法，建立科学合理的监督机制。如简化经费预算审查程序，防止多重财务预算审查，按照不同类型的重大专项分类管理，根据科学研究存在不确定性的特点，允许编制有一定偏差范围的预算科目等等，关键在于加大经费使用中和使用后的监督检查，严格问责制度。
让更多单位参与，让更多技术成果共享和集成
闵庆文在参与重大专项时，深感某些课题承担单位过于集中，资料等资源难以实现共享。他希望梳理有关项目及其实施重点，避免重复，加强项目的资料共享与成果集成，课题结题后一定期限，资料可以公开。
“国家科技重大专项虽然采用了举国体制，但毕竟参与单位有限，”邬贺铨建议，“应该形成一定的信息披露机制，既向纳税人汇报，也让没有参与的科技人员和单位、特别是企业，了解专项进展，并参与其中。”
马大龙对此深有同感。他认为，对不涉密的民口国家科技重大专项，原则上应该做到信息公开透明，特别是及时发布相关政策、管理办法、重大进展等，鼓励更多有条件的单位和专家参与。
其实，“新一代宽带无线移动通信网”专项已进行了有益尝试。“比如，有些小企业或许对某项新业务有很好的想法，我们就考虑设立开放课题，或者让项目牵头单位通过收购等方式，吸纳集成更好的技术。”但邬贺铨也坦陈，这还需要管理、法律等制度上的完善和保障。
需要加强部门协调，需要提高管理效率
“重大专项采取多部门管理模式，对动员各方力量参与科技管理和整合资源有利，但也会有各自为政、衔接不畅的弊端，导致决策效率低下，文件在各行政部门审批周转时间过长，经常议而不决，部门利益协调困难。”马大龙认为，应强化各专项领导小组的领导权限、决策力及协调力，规定各主管部门的参与权限和决策时限，建立重大专项相关部门的问责制度，提高管理效率。
去年，国务院明确了“两总师制”，健全了行政和技术两条线的组织管理体系，科技部也着力推进统筹协调机制。马大龙就此建议，在执行中应该赋予技术总师和总体组更大的决策权和执行权，减少行政审批手续，注意发挥独立的第三方评估机构、监理机构的作用。
委员们认为，重大专项实施过程中产生的知识产权归属、实现“后补助”的可操作性等问题，也都需要进一步细化落实。
